Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 FBRS-201ENST00000287468 2811 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RLIM-202ENST00000349225 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CYP1A1-210ENST00000617691 2521 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 HTR7-202ENST00000336152 3126 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 DDN-201ENST00000421952 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 GGA1-206ENST00000406772 3205 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ABCG4-205ENST00000619701 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SLC29A1-201ENST00000371708 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SLC9A7-205ENST00000616978 10024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 DMTN-214ENST00000519907 2658 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 GPR68-203ENST00000531499 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 DEPTOR-201ENST00000286234 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 IGHG3-202ENST00000641136 2751 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 CICP8-201ENST00000455800 2813 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 GALC-206ENST00000544807 2528 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 DDR1-271ENST00000513240 2882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 PCDHA7-201ENST00000356878 2922 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC28BQ9BUN5 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 LINC01271-201ENST00000441214 2250 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 XG-201ENST00000381174 2315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 SNX20-202ENST00000330943 2904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC28BQ9BUN5 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms