Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LDB2O43679 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LDB2O43679 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms