Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.8 ms