Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 GSTK1-202ENST00000409500 888 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PSMB5-203ENST00000425762 900 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC018680.1-202ENST00000500324 525 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC063977.3-201ENST00000597569 547 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AP003419.4-201ENST00000616071 517 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL162426.1-201ENST00000624141 743 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AWAT1-201ENST00000374521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 OSCP1-204ENST00000433045 1381 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL355310.3-201ENST00000526411 582 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PSORS1C1-206ENST00000547221 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MIR4750-201ENST00000584564 56 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.2 ms