Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AL669831.1-201ENST00000506640 6432 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms