Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DNM1P51-202ENST00000558801 8752 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ABR-205ENST00000544583 5595 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CNN3-207ENST00000545882 1902 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ANK1-201ENST00000265709 6379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DCAKD-201ENST00000310604 2122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CAMKK2-202ENST00000337174 5304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms