Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 AMFR-209ENST00000567738 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.85□□□□□ -0.673e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 CTC1-202ENST00000449476 4797 ntTSL 210.5□□□□□ -0.735e-8■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 PPP1R21-205ENST00000431614 2481 ntTSL 510.35□□□□□ -0.755e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 DCTD-212ENST00000510307 592 ntTSL 410.27□□□□□ -0.772e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 SLC10A7-207ENST00000511315 1013 ntTSL 1 (best)9.31□□□□□ -0.922e-8■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 PEX19-205ENST00000472750 3504 ntTSL 1 (best)9.26□□□□□ -0.935e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-206ENST00000573968 2039 ntTSL 2 BASIC8.18□□□□□ -1.12e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 UBE4B-208ENST00000475795 871 ntTSL 57.96□□□□□ -1.142e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 PEX19-201ENST00000368072 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.86□□□□□ -1.155e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 CLCC1-203ENST00000356970 4803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.6□□□□□ -1.192e-10■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 RNASEH2B-207ENST00000613449 3328 ntTSL 27.33□□□□□ -1.244e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 DCBLD2-205ENST00000469648 584 ntTSL 37.28□□□□□ -1.242e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-201ENST00000255759 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.66□□□□□ -1.342e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 DCBLD2-203ENST00000449482 554 ntTSL 1 (best)6.41□□□□□ -1.382e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 PEX19-203ENST00000462644 904 ntTSL 36.38□□□□□ -1.395e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-202ENST00000572415 796 ntTSL 25.52□□□□□ -1.532e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 SLC10A7-202ENST00000394059 1730 ntTSL 1 (best) BASIC5.36□□□□□ -1.552e-8■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-203ENST00000573087 851 ntTSL 35.19□□□□□ -1.582e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-207ENST00000575073 530 ntTSL 2 BASIC5.19□□□□□ -1.582e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 RNASEH2B-205ENST00000495244 971 ntTSL 55.01□□□□□ -1.614e-6■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-208ENST00000575744 565 ntTSL 4 BASIC4.08□□□□□ -1.762e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 CLK4-207ENST00000520909 1305 ntTSL 1 (best)3.9□□□□□ -1.791e-14■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 KNTC1-204ENST00000436959 2412 ntTSL 2 BASIC3.74□□□□□ -1.812e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-204ENST00000573396 735 ntTSL 3 BASIC3.71□□□□□ -1.812e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 DCBLD2-208ENST00000486004 582 ntTSL 33.56□□□□□ -1.842e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-209ENST00000575938 381 ntTSL 33.28□□□□□ -1.882e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 FOPNL-205ENST00000573429 646 ntTSL 3 BASIC3.09□□□□□ -1.912e-7■■■■■ 94.8
SF3B1O75533 NCAM2-202ENST00000400546 8135 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.86□□□□□ -0.992e-6■■■■■ 94.7
SF3B1O75533 CARM1-206ENST00000588947 468 ntTSL 533.2■■■□□ 2.916e-6■■■■■ 94.7
SF3B1O75533 CARM1-208ENST00000590039 596 ntTSL 512.07□□□□□ -0.486e-6■■■■■ 94.7
SF3B1O75533 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.224e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SLC7A5-203ENST00000565644 3983 ntTSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.64e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 IGF2BP2-204ENST00000457616 3426 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.324e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 ARHGAP6-208ENST00000495242 5303 ntTSL 1 (best)16.57■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 ARHGAP6-206ENST00000489330 6299 ntTSL 215.06■□□□□ 02e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 ARHGAP6-205ENST00000380736 3883 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 AL121845.3-202ENST00000632538 872 ntAPPRIS P1 TSL 322.82■■□□□ 1.246e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SENP2-204ENST00000439684 596 ntTSL 321.01■□□□□ 0.951e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SENP2-206ENST00000453532 829 ntTSL 520.99■□□□□ 0.951e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 ZGPAT-211ENST00000484569 749 ntTSL 219.75■□□□□ 0.756e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 AKAP8-202ENST00000537303 1350 ntTSL 218.55■□□□□ 0.568e-7■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.541e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 REXO1-207ENST00000590936 1271 ntTSL 516.63■□□□□ 0.251e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SENP2-202ENST00000413407 2383 ntTSL 216.24■□□□□ 0.191e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SENP2-203ENST00000430355 878 ntTSL 513.85□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 AKAP8-201ENST00000269701 3670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.348e-7■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SENP2-209ENST00000465201 589 ntTSL 36.22□□□□□ -1.411e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.254e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SGMS1-209ENST00000609445 594 ntTSL 417.63■□□□□ 0.414e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SGMS1-203ENST00000429490 3634 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.184e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 SGMS1-202ENST00000361781 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.24e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.245e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.175e-6■■■■■ 94.6
SF3B1O75533 CPPED1-201ENST00000261660 1898 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.053e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 CPPED1-203ENST00000433677 1993 ntTSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.213e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 CPPED1-202ENST00000381774 6273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.453e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ZC3HAV1-203ENST00000464606 4776 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.113e-7■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ZC3HAV1-201ENST00000242351 7100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.423e-7■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 MAD1L1-209ENST00000438959 839 ntTSL 315.15■□□□□ 0.026e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NEMF-206ENST00000555411 573 ntTSL 47.78□□□□□ -1.166e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ADAMTS14-201ENST00000373207 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 PGD-201ENST00000270776 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.55e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NLRP2-204ENST00000391721 3420 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.237e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NLRP2-202ENST00000339757 3422 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.257e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NLRP2-201ENST00000263437 3496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.37e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NLRP2-214ENST00000543010 3576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.357e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NLRP2-208ENST00000448584 3573 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.387e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NLRP2-206ENST00000427260 3411 ntTSL 2 BASIC12.58□□□□□ -0.397e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NLRP2-209ENST00000537859 3507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.39□□□□□ -0.437e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 NLRP2-212ENST00000540597 3744 ntTSL 212.39□□□□□ -0.437e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 TBL1XR1-222ENST00000631253 4186 ntTSL 52.53□□□□□ -21e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.473e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.353e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.323e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ATXN2-226ENST00000608853 4376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.443e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ATXN2-210ENST00000483311 4159 ntTSL 1 (best)12.07□□□□□ -0.483e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ATXN2-214ENST00000535949 3205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.6□□□□□ -1.193e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ATXN2-202ENST00000389153 3854 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.78□□□□□ -1.323e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 ATXN2-215ENST00000542287 3443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.99□□□□□ -1.453e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.043e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.043e-6■■■■■ 94.5
SF3B1O75533 LRP12-202ENST00000424843 4092 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.369e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 LRP12-205ENST00000520770 853 ntTSL 1 (best)11.22□□□□□ -0.619e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 LRP12-201ENST00000276654 4112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.63□□□□□ -1.039e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 LRP12-204ENST00000519675 5008 ntTSL 27.52□□□□□ -1.219e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 ST7-209ENST00000417919 577 ntTSL 45.45□□□□□ -1.542e-6■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 ST7-211ENST00000421345 531 ntTSL 43.37□□□□□ -1.872e-6■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 RNF126-207ENST00000605891 1671 ntTSL 533.53■■■□□ 2.962e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.552e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 RNF126-203ENST00000589762 963 ntTSL 228.49■■■□□ 2.152e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 RNF126-204ENST00000590885 1436 ntTSL 520.07■□□□□ 0.82e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.222e-6■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 PRSS21-205ENST00000571141 484 ntTSL 220.42■□□□□ 0.862e-6■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 MMS19-204ENST00000415383 3401 ntTSL 1 (best)11.52□□□□□ -0.574e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 MMS19-201ENST00000327238 3165 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.574e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 MMS19-203ENST00000370782 3532 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.614e-7■■■■■ 94.4
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1520.4 ms