Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AFDN-203ENST00000366806 5962 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AGTPBP1-208ENST00000628899 4222 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7C-213ENST00000588982 4949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 EFCAB2-202ENST00000366522 6167 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CD93-201ENST00000246006 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms