Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ABHD4-201ENST00000216327 716 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 DNAJB1P1-201ENST00000429417 1024 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 HPN-206ENST00000597419 1212 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUX1P39880 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ASGR1-201ENST00000269299 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC074138.1-201ENST00000611182 1303 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MRPL19-201ENST00000358788 693 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CNR1-201ENST00000362094 1252 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 TMCO5B-205ENST00000530020 894 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CMC2-224ENST00000630396 481 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 UBE3C-202ENST00000389103 1626 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC026904.3-201ENST00000636550 1530 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUX1P39880 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 UPK3BL1-201ENST00000340457 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SOD2-202ENST00000367054 815 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AK1-202ENST00000373156 757 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 NAGK-204ENST00000443872 878 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ENDOV-229ENST00000523999 864 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 LINC01629-201ENST00000553613 581 ntTSL 4 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CIDEC-202ENST00000383817 1199 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AL137856.1-201ENST00000429398 773 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SIAH2-AS1-201ENST00000461943 441 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC010531.4-203ENST00000561709 660 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SLC12A5-216ENST00000626701 617 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 DDX5-235ENST00000630471 473 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SERF2-201ENST00000249786 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 COX8C-201ENST00000342144 533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.9 ms