Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 REEP1-202ENST00000453231 940 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC100858.3-202ENST00000533496 553 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC105129.2-201ENST00000559536 390 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 SNX1-214ENST00000625244 324 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC012368.2-201ENST00000423539 560 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC106786.1-201ENST00000442777 792 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC083949.1-202ENST00000458490 552 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMD1Q9UGP4 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms