Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 MAN1B1-202ENST00000371589 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ZBTB17-202ENST00000375743 2745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ARAP2-201ENST00000303965 7514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC25A21-AS1-201ENST00000556667 1924 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 OS9-204ENST00000389146 2091 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PLA2G4B-202ENST00000458483 2734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ELN-208ENST00000380575 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ADAM23-202ENST00000374415 2714 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 COL9A2-202ENST00000372748 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 WBP4-201ENST00000379487 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC34A2-203ENST00000504570 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC015656.1-201ENST00000624209 3578 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP9-213ENST00000550288 2818 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SYBU-207ENST00000433638 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SAPCD2-201ENST00000409687 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF26-203ENST00000465817 2353 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RNF222-202ENST00000399398 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms