Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 BCAS4-201ENST00000358791 1378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC060234.1-201ENST00000422966 474 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AP000356.1-201ENST00000438893 364 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AP000438.1-201ENST00000543624 749 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RDH5-201ENST00000257895 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MRPS12-201ENST00000308018 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 KAZN-204ENST00000400797 1295 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LINC01118-202ENST00000409912 1023 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 EID1-202ENST00000560490 584 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CRHR1-208ENST00000577353 1206 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC026740.1-201ENST00000607068 791 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 KRTAP20-4-201ENST00000382828 224 ntAPPRIS P1 BASIC19.34■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms