Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP3Q9Y6I4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.2 ms