Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC39Q9UFE4 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms