Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TREX1Q9NSU2 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TREX1Q9NSU2 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TREX1Q9NSU2 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms