Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCL28Q9NRJ3 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCL28Q9NRJ3 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms