Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RPF1Q9H9Y2 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 121.1 ms