Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NKX2-4Q9H2Z4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NKX2-4Q9H2Z4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NKX2-4Q9H2Z4 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
NKX2-4Q9H2Z4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NKX2-4Q9H2Z4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NKX2-4Q9H2Z4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NKX2-4Q9H2Z4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NKX2-4Q9H2Z4 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC25■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
NKX2-4Q9H2Z4 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NKX2-4Q9H2Z4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms