Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP41Q3LFD5 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.56
USP41Q3LFD5 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms