Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CHD3Q12873 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
CHD3Q12873 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CHD3Q12873 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
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