Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC39.62■■■■□ 3.93
CUX1P39880 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC39.62■■■■□ 3.93
CUX1P39880 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC39.62■■■■□ 3.93
CUX1P39880 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC39.62■■■■□ 3.93
CUX1P39880 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.62■■■■□ 3.93
CUX1P39880 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.62■■■■□ 3.93
CUX1P39880 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC39.61■■■■□ 3.93
CUX1P39880 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC39.61■■■■□ 3.93
CUX1P39880 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.61■■■■□ 3.93
CUX1P39880 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC39.6■■■■□ 3.93
CUX1P39880 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.6■■■■□ 3.93
CUX1P39880 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.6■■■■□ 3.93
CUX1P39880 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC39.6■■■■□ 3.93
CUX1P39880 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC39.6■■■■□ 3.93
CUX1P39880 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.6■■■■□ 3.93
CUX1P39880 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC39.6■■■■□ 3.93
CUX1P39880 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.59■■■■□ 3.93
CUX1P39880 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC39.59■■■■□ 3.93
CUX1P39880 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC39.59■■■■□ 3.93
CUX1P39880 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.59■■■■□ 3.93
CUX1P39880 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.58■■■■□ 3.93
CUX1P39880 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC39.58■■■■□ 3.93
CUX1P39880 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC39.58■■■■□ 3.93
CUX1P39880 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC39.58■■■■□ 3.93
CUX1P39880 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC39.58■■■■□ 3.93
CUX1P39880 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC39.57■■■■□ 3.93
CUX1P39880 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC39.57■■■■□ 3.93
CUX1P39880 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.57■■■■□ 3.93
CUX1P39880 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC39.57■■■■□ 3.93
CUX1P39880 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.56■■■■□ 3.92
CUX1P39880 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.56■■■■□ 3.92
CUX1P39880 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC39.56■■■■□ 3.92
CUX1P39880 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.55■■■■□ 3.92
CUX1P39880 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC39.54■■■■□ 3.92
CUX1P39880 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.54■■■■□ 3.92
CUX1P39880 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.54■■■■□ 3.92
CUX1P39880 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC39.54■■■■□ 3.92
CUX1P39880 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC39.54■■■■□ 3.92
CUX1P39880 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
CUX1P39880 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
CUX1P39880 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC39.53■■■■□ 3.92
CUX1P39880 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC39.53■■■■□ 3.92
CUX1P39880 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
CUX1P39880 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC39.53■■■■□ 3.92
CUX1P39880 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
CUX1P39880 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.52■■■■□ 3.92
CUX1P39880 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.52■■■■□ 3.92
CUX1P39880 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC39.52■■■■□ 3.92
CUX1P39880 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC39.52■■■■□ 3.92
CUX1P39880 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.52■■■■□ 3.92
CUX1P39880 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.52■■■■□ 3.92
CUX1P39880 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC39.51■■■■□ 3.92
CUX1P39880 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC39.51■■■■□ 3.92
CUX1P39880 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.51■■■■□ 3.92
CUX1P39880 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
CUX1P39880 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.5■■■■□ 3.91
CUX1P39880 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC39.5■■■■□ 3.91
CUX1P39880 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
CUX1P39880 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC39.5■■■■□ 3.91
CUX1P39880 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC39.49■■■■□ 3.91
CUX1P39880 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.49■■■■□ 3.91
CUX1P39880 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC39.49■■■■□ 3.91
CUX1P39880 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.49■■■■□ 3.91
CUX1P39880 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.48■■■■□ 3.91
CUX1P39880 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.48■■■■□ 3.91
CUX1P39880 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC39.48■■■■□ 3.91
CUX1P39880 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.48■■■■□ 3.91
CUX1P39880 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC39.48■■■■□ 3.91
CUX1P39880 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC39.48■■■■□ 3.91
CUX1P39880 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC39.48■■■■□ 3.91
CUX1P39880 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC39.48■■■■□ 3.91
CUX1P39880 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.47■■■■□ 3.91
CUX1P39880 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC39.47■■■■□ 3.91
CUX1P39880 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC39.47■■■■□ 3.91
CUX1P39880 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC39.47■■■■□ 3.91
CUX1P39880 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC39.47■■■■□ 3.91
CUX1P39880 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC39.46■■■■□ 3.91
CUX1P39880 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC39.45■■■■□ 3.91
CUX1P39880 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
CUX1P39880 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC39.45■■■■□ 3.91
CUX1P39880 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
CUX1P39880 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC39.44■■■■□ 3.9
CUX1P39880 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC39.44■■■■□ 3.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms