Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX2P35548 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX2P35548 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSX2P35548 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSX2P35548 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSX2P35548 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
MSX2P35548 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
MSX2P35548 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX2P35548 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX2P35548 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX2P35548 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX2P35548 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX2P35548 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX2P35548 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX2P35548 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX2P35548 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX2P35548 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX2P35548 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX2P35548 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX2P35548 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX2P35548 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX2P35548 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX2P35548 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX2P35548 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX2P35548 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX2P35548 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX2P35548 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX2P35548 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX2P35548 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX2P35548 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
MSX2P35548 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX2P35548 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms