Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
MSX1P28360 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
MSX1P28360 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
MSX1P28360 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
MSX1P28360 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
MSX1P28360 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
MSX1P28360 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
MSX1P28360 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
MSX1P28360 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
MSX1P28360 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
MSX1P28360 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
MSX1P28360 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
MSX1P28360 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
MSX1P28360 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
MSX1P28360 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
MSX1P28360 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
MSX1P28360 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
MSX1P28360 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
MSX1P28360 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
MSX1P28360 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
MSX1P28360 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
MSX1P28360 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
MSX1P28360 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
MSX1P28360 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
MSX1P28360 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
MSX1P28360 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
MSX1P28360 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
MSX1P28360 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
MSX1P28360 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
MSX1P28360 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
MSX1P28360 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
MSX1P28360 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
MSX1P28360 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
MSX1P28360 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
MSX1P28360 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
MSX1P28360 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
MSX1P28360 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
MSX1P28360 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
MSX1P28360 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
MSX1P28360 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
MSX1P28360 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
MSX1P28360 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
MSX1P28360 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
MSX1P28360 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
MSX1P28360 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
MSX1P28360 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
MSX1P28360 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.8 ms