Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD9P28356 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD9P28356 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD9P28356 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD9P28356 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD9P28356 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXD9P28356 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
HOXD9P28356 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
HOXD9P28356 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HOXD9P28356 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms