Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A3P12111 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A3P12111 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A3P12111 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms