Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 HIPK3-203ENST00000456517 7399 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AL669831.1-201ENST00000506640 6432 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 HECW1-203ENST00000453890 5169 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GLI2-210ENST00000452319 6799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms