Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
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