Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SPAG8-209ENST00000484764 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 RPL8P2-201ENST00000430538 502 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 DDX39AP1-201ENST00000445147 1181 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AL356417.2-202ENST00000608986 532 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PLS3-210ENST00000626746 216 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 HBB-201ENST00000335295 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 FRMD4A-208ENST00000493380 1149 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 POLD4-208ENST00000532830 904 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 HIST2H2BF-204ENST00000545683 999 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 NUDT4P2-201ENST00000578341 546 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 FAM236A-201ENST00000593662 453 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 FAM236B-201ENST00000596535 465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PPP1R1B-202ENST00000394265 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 TNNT2-203ENST00000367315 1083 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 LTBR-209ENST00000541102 1084 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 HTR4-213ENST00000631296 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 MAP2K6-205ENST00000589647 1512 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 LINC01868-201ENST00000414965 562 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC026320.2-201ENST00000434379 478 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SUMF2-210ENST00000437307 947 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AL356056.1-201ENST00000437899 369 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CGB1-201ENST00000301407 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CMTM5-201ENST00000339180 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 ACTBP7-201ENST00000418351 1124 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 POLR2L-201ENST00000322028 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 TMEM231-206ENST00000565067 1078 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 FHL2-206ENST00000408995 1367 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 MIR4435-2HG-204ENST00000419736 777 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CHD9Q3L8U1 TRPM2-AS-201ENST00000423310 586 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.1 ms