Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 MTND2P7-201ENST00000521337 640 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC005695.3-201ENST00000614522 232 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms