Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SEZ6L-209ENST00000529632 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RUNX1T1-251ENST00000615601 7372 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 KMT2E-202ENST00000311117 6874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RALGPS2-204ENST00000367635 5834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.2 ms