Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 FBXO3-203ENST00000526785 5798 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 INF2-203ENST00000392634 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 PTPRU-204ENST00000428026 5550 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 SRC-202ENST00000373558 4304 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP4-203ENST00000370028 3372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 HECW1-203ENST00000453890 5169 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS9-201ENST00000332578 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 SLC43A2-201ENST00000301335 8136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 YTHDF3-216ENST00000623280 5193 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 HIC2-202ENST00000407598 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 ZNF256-201ENST00000282308 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 NADSYN1-216ENST00000530055 2416 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 TNN-203ENST00000622870 3719 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 HSD17B4-206ENST00000504811 2740 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 LRP8-201ENST00000306052 7648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 OSBPL8-203ENST00000393250 3157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 CUEDC1-206ENST00000577830 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 OSBPL7-211ENST00000613735 2836 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 KCNT1-209ENST00000490355 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 GPR37-201ENST00000303921 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AP3M2-201ENST00000174653 3661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 RPTOR-202ENST00000544334 5734 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CCDC112Q8NEF3 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms