Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms