Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms