Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A2P12110 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AC023908.3-201ENST00000564211 3047 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 ZNF575-202ENST00000458714 2285 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 GPAT2-202ENST00000434632 3061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A2P12110 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.8 ms