Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CNN3-207ENST00000545882 1902 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIMCH1Q9UPQ0 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 118.8 ms