Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ADAMTS14-201ENST00000373207 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GLIS2-201ENST00000262366 4469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CPEB2-205ENST00000442003 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GTF2IRD1-205ENST00000476977 5868 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MEGF11-204ENST00000422354 5914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NYNRIN-201ENST00000382554 7857 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CAMSAP1-203ENST00000409386 5730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms