Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SOX4Q06945 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms