Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AC063977.3-201ENST00000597569 547 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AC136475.1-202ENST00000602429 1151 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AC104667.2-202ENST00000452801 1301 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 CAPZB-201ENST00000264202 858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 TMEM177-203ENST00000409951 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AC114501.1-201ENST00000445949 172 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 TUBBP5-203ENST00000508529 1334 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SNHG1-213ENST00000540725 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 RAB36-202ENST00000341989 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SAP25-201ENST00000538735 837 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AP000356.1-201ENST00000438893 364 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 NPM1P43-201ENST00000558669 786 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 ZCCHC4-206ENST00000612982 938 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 LRWD1-209ENST00000626402 138 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 KRT8P14-201ENST00000414254 1442 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 FETUB-207ENST00000450521 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 ODF4-201ENST00000328248 1156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 AK1-202ENST00000373156 757 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A4P53420 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms