Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 APOL3-207ENST00000424878 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC006335.1-201ENST00000445200 547 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SAP25-201ENST00000538735 837 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AL928654.3-201ENST00000552675 445 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 DKK4-201ENST00000220812 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC005779.2-201ENST00000593083 550 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 EPHX1-202ENST00000366837 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RN7SKP214-201ENST00000364208 315 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 UBL4A-201ENST00000369653 711 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TEX33-202ENST00000402860 986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC069277.1-202ENST00000414438 761 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 IDI2-AS1-201ENST00000420381 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 FKBP11-212ENST00000552878 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CUX1P39880 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 BRMS1-202ENST00000425825 1363 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RPSAP31-201ENST00000416648 895 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC105389.3-201ENST00000508038 907 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 UBXN1-214ENST00000533000 367 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
CUX1P39880 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 IL9-201ENST00000274520 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CALCA-203ENST00000396372 581 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC098935.1-201ENST00000446057 611 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms