Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC131097.3-203ENST00000420272 1193 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CR589904.1-202ENST00000611154 660 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 LINC02046-201ENST00000469812 378 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC015660.1-201ENST00000560103 395 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC006064.4-201ENST00000602946 422 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 METTL6-201ENST00000383789 1413 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CRYBA4-201ENST00000354760 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 NME2-204ENST00000503064 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SAP25-201ENST00000538735 837 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 SAXO2-207ENST00000566861 404 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 CENPX-208ENST00000584347 799 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
COL6A1P12109 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms