Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS4AQ9UN37 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 DIXDC1-201ENST00000440460 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 PPP1R26-204ENST00000604351 4640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS4AQ9UN37 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms