Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms