Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXC11O43248 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXC11O43248 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXC11O43248 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXC11O43248 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXC11O43248 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXC11O43248 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.3 ms