Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms