Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH5O43196 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH5O43196 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH5O43196 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH5O43196 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSH5O43196 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 RMDN2-207ENST00000417700 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CYP2B6-202ENST00000593831 1426 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 RIDA-201ENST00000254878 1057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 PTTG1IP-202ENST00000397886 755 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AP000844.2-201ENST00000419440 509 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC089999.1-201ENST00000460336 374 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC093835.1-201ENST00000508072 568 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AP002495.1-202ENST00000528511 933 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC007298.2-201ENST00000551849 862 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AL133499.1-201ENST00000596207 608 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSH5O43196 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 IL25-202ENST00000397242 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 SMARCA2-211ENST00000417599 980 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 SLC8A1-AS1-202ENST00000417875 344 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 LINC01456-201ENST00000453902 708 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ZNF346-IT1-201ENST00000515264 745 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 SAA3P-202ENST00000534768 642 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC012150.1-201ENST00000553075 593 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC087292.1-201ENST00000573371 512 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 TEX26-AS1-211ENST00000589840 865 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC009159.2-201ENST00000617603 606 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 DUXB-201ENST00000633875 1079 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 AC009234.1-201ENST00000634985 895 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 OR4K14-202ENST00000641793 1245 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSH5O43196 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
MSH5O43196 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms