Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHMP3Q9Y3E7 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.3 ms