Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms