Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.3 ms