Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 UBE2G2-202ENST00000345496 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NFATC4-221ENST00000555453 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 VLDLR-202ENST00000382099 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
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