Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMD1Q9UGP4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMD1Q9UGP4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMD1Q9UGP4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms